OPTIMIZATION OF ANNEALING TEMPERATURE FOR COI GENE AMPLIFICATION ON EXTRIMOPHIL FISH USING REAL-TIME PCR

  • Ardiansyah Kurniawan Universitas Bangka Belitung
  • Tiara Puspa Anjani Universitas Bangka Belitung
  • Eva Lestari Universitas Bangka Belitung
  • Alya M Safitri Universitas Bangka Belitung
  • Andri Kurniawan Universitas Bangka Belitung
  • Ahmad Fahrul Syarif Universitas Bangka Belitung
  • Rina Apriyani Universitas Bangka Belitung
  • Merin S Universitas Bangka Belitung
  • Muhamad Ichsan Universitas Bangka Belitung
  • Siti P N I K Almagribi Universitas Bangka Belitung

Abstract

Extremophilic fish require genetic characterization to determine the identity of their species, their kinship, and the potential for genetic variation due to extreme environmental adaptation. DNA barcoding using Fish-F2 and Fish-R2 primers at an annealing temperature of 52oC for 15 seconds showed qualitative failure results in most fish species. For this reason, optimizing the annealing temperature in the PCR process is necessary to obtain DNA bands that correlate with successful identification. Fish samples were obtained from Ruai Silip, Bangka Island, Membalong, Belitung Island, and Way Kanan, Lampung, Sumatra Island. The annealing temperature optimization was set at 50, 50.4, 51.1, 52.3, 53.7, 54.8, 55.5, and 56°C. Five species of extremophile fish were tested, namely Brevibora sp, Barbodes binotatus, Rasbora bankanensis, Anabas testudineus, and Aplocheilus panchax. Extremophile fish showed differences in the appearance of DNA bands in PCR with different annealing temperatures. Brevibora sp showed a visualization of DNA bands at 54.8°C, Barbodes binotatus at 53.7, 54.8, 55.5, and 56°C, Anabas testudineus at 50 and 50.4°C, and Aplocheilus panchax produced clearly visible band on annealing temperatures.

Keywords: Extremophile Fish, DNA Barcoding, Annealing, Bangka Belitung

Downloads

Download data is not yet available.

References

Aisyah, S., Thania, O. S., & Syarif, A. F. (2021). Identifikasi Molekuler Sirip Ikan Hiu Menggunakan Gen Mitokondria Cytochrome C Oxydase Subunit I (COI) Yang Didaratkan Di Pesisir Kabupaten Bangka Selatan. Jurnal Enggano, 6(1), 99-109.
Akbar, J. (2021). Pertumbuhan Dan Kelangsungan Hidup Ikan Betok (Anabas testudineus) Yang Dipelihara Pada Salinitas Berbeda. Bioscientiae, 9(2), 1-8.
Amanda, K. (2019). Optimasi Suhu Annealing Proses PCR Amplifikasi Gen shv Bakteri Escherichia coli Pasien Ulkus Diabetik. Jurnal Mahasiswa Farmasi Fakultas Kedokteran UNTAN, 4(1).
Arisuryanti, T., Hasan, R. L., Ayu, K. L., Ratman, N., & Hakim, L. (2019). Genetic Identification of Freshwater Fish Species Through DNA Barcoding from Lake Lebo Taliwang, West Nusa Tenggara. Journal of Tropical Biodiversity and Biotechnology, 4(3), 107-112.
Asy’ari, M., & Noer, A. S. (2005). Optimasi konsentrasi MgCl2 dan suhu annealing pada proses amplifikasi multifragmens mtDNA dengan metoda PCR. Jurnal Kimia Sains dan Aplikasi, 8(1), 23-27.
Fitriya, R. T., Ibrahim, M., & Lisdiana, L. (2015). Keefektifan metode isolasi DNA kit dan CTAB/NaCl yang dimodifikasi pada Staphylococcus aureus dan Shigella dysentriae. LenteraBio, 4(1), 87-92.
Handoyo, D., & Rudiretna, A. (2000). Prinsip umum dan pelaksanaan polymerase chain reaction (PCR). Unitas, 9(1), 17-29.
Hutama, A., Dahruddin, H., Busson, F., Sauri, S., Keith, P., Hadiaty, R. K. & Hubert, N. (2017). Identifying spatially concordant evolutionary significant units across multiple species through DNA barcodes: Application to the conservation genetics of the freshwater fishes of Java and Bali. Global ecology and conservation, 12, 170-187.
Iqbal, M., Buwono, I. D., & Kurniawati, N. (2016). Analisis Perbandingan Metode Isolasi DNA Untuk Deteksi White Spot Syndrome Virus (WSSV) Pada Udang Vaname (Litopenaeus vannamei). Jurnal Perikanan Kelautan, 7(1).
Karlina, W., Roesma, D. I., & Tjong, D. H. (2016). Phylogenetic study of Puntius cf. binotatus fish from Gunung Tujuh Lake in Sumatera Based on Cytochrome b Gene. J Entomol Zool Stud, 4(2), 538-540.
Kartika, P., & Puryanti, D. (2019). Identifikasi Pencemaran Logam Berat Air Kolong dan Air Sumur di Sekitar Bekas Tambang Timah Perayun Kundur, Kepulauan Riau. Jurnal Fisika Unand, 8(4), 329-335.
Kurniawan, A., & Mustikasari, D. (2021). Review tentang kemampuan ikan ekstremofil untuk hidup di perairan asam dan terkontaminasi logam berat pascapenambangan timah. Jurnal Ilmu Lingkungan, 19(3), 541-554.
Kurniawan, A., Subagja, J., Taufansyah, E., Bidayani, E., Putri, A. M., Lestari, B., ... & Syarif, A. F. (2022). Diseminasi Pengembangan Potensi Ikan Lokal Bangka Belitung Kepada Masyarakat Perikanan Indonesia. JURPIKAT (Jurnal Pengabdian Kepada Masyarakat), 3(1), 9-18.
Muslih, K., Adiwilaga, E. M., & Adiwibowo, S. (2016). Pengaruh penambangan timah terhadap keanekaragaman ikan sungai dan kearifan lokal masyarakat di Kabupaten Bangka. Limnotek: perairan darat tropis di Indonesia, 21(1).
Mustikasari, D., & Agustiani, R. D. (2021). DNA Barcoding Ikan Kepala Timah Dan Betok Berdasarkan Gen COI sebagai Ikan Pioneer di Kolong Pascatambang Timah, Pulau Bangka. Samakia: Jurnal Ilmu Perikanan, 12(1), 86-95.
Permadi, J., Rochvita, A., Anggraini, R. C. P. K., & Palimirmo, F. S. (2022). Filogenetik Ikan Ekstremofil Edible Populasi Magelang Menggunakan Gen Cytochrome Oxydase I. Journal of Research and Technology, 8(1), 89-100.
Roesma, D. I., Tjong, D. H., Karlina, W., & Aidil, D. R. (2019). Taxonomy confirmation of Puntius cf. binotatus from Gunung Tujuh Lake, Jambi, Indonesia based on cytochrome oxidase-I (COI) gene. Biodiversitas Journal of Biological Diversity, 20(1), 54-60.
Roesma, D., TJONG, D. H., Janra, M., & Aidil, D. (2022). DNA barcoding of freshwater fish in Siberut Island, Mentawai Archipelago, Indonesia. Biodiversitas Journal of Biological Diversity, 23(4).
Saputro, B., Santosa, L. W., & Murti, S. H. (2014). Pengaruh Aktivitas Penambangan Timah Putih (SN) terhadap Kerusakan Lingkungan Perairan Sungai Jelitik Kabupaten Bangka Provinsi Kepulauan Bangka Belitung. Majalah Geografi Indonesia, 28(1), 1-11.
Sholihah, A., Delrieu‐Trottin, E., Sukmono, T., Dahruddin, H., Pouzadoux, J., Tilak, M. K., ... & Hubert, N. (2021). Limited dispersal and in situ diversification drive the evolutionary history of Rasborinae fishes in Sundaland. Journal of biogeography, 48(9), 2153-2173.
Sholihah, A., Delrieu-Trottin, E., Sukmono, T., Dahruddin, H., Risdawati, R., Elvyra, R., ... & Hubert, N. (2020). Disentangling the taxonomy of the subfamily Rasborinae (Cypriniformes, Danionidae) in Sundaland using DNA barcodes. Scientific reports, 10(1), 1-14.
Srinu, G., Padmavathi, P., & Chatla, D. (2019). Identification and Validation of Anabas spp.(Osteichthyes: Anabantidae) Through Morphology and DNA Barcoding From Lake Kolleru, Andhra Pradesh, India. Journal of Coastal Research, 86(SI), 142-148.
Syarif, A. F., & Prasetiyono, E. (2019). Karakter morfometrik, pertumbuhan, dan sintasan tiga spesies ikan seluang (famili: Cyprinidae) asal Pulau Bangka. Media Akuakultur, 14(1), 1-7.
Wijianti, E. S., Nurhadini, N., & Saparin, S. (2016). Peningkatan Kualitas Air Minum Menggunakan Penyaringan Sederhana Berbasis Limbah Cangkang Siput Gonggong di Desa Kulur Ilir Kabupaten Bangka Tengah. Jurnal Pengabdian Kepada Masyarakat Universitas Bangka Belitung, 3(2).
Wongsawad, C., Wongsawad, P., Sukontason, K., Maneepitaksanti, W., & Nantarat, N. (2017). Molecular phylogenetics of Centrocestus formosanus (Digenea: Heterophyidae) originated from freshwater fish from Chiang Mai Province, Thailand. The Korean Journal of Parasitology, 55(1), 31-37.
Published
2022-11-02
Abstract viewed = 554 times
PDF downloaded = 430 times