DETEKSI eDNA UNTUK MENGUKUR KERAGAMAN GENETIK IKAN YANG TERDAFTAR DALAM IUCN RED LIST DI PERAIRAN MUARA MUSI DAN MUARA BANYUASIN

Valentin Amelia; Melki; Fauziyah; Ellis Nurjuliasti  Ningsih; Rezi Apri

doi:10.33019/jour.trop.mar.sci.v9i1.7496

Authors

Valentin Amelia Universitas Sriwijaya Author
Melki Melki Jurusan Ilmu Kelautan, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Sriwijaya Author
Fauziyah Universitas Sriwijaya Author
Ellis Nurjuliasti Ningsih Universitas Sriwijaya Author
Rezi Apri Universitas Sriwijaya Author

DOI:

https://doi.org/10.33019/jour.trop.mar.sci.v9i1.7496

Keywords:

Environmental DNA, keanekaragaman ikan, Kualitas Perairan, IUCN red list, Perairan Muara

Abstract

Perairan muara berperan penting sebagai habitat berbagai organisme akuatik, termasuk ikan yang berstatus terancam punah. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis kualitas parameter perairan serta struktur komunitas ikan berdasarkan IUCN Red List di Muara Sungai Musi dan Muara Sungai Banyuasin menggunakan pendekatan environmental DNA (eDNA). Penelitian dilakukan pada bulan Desember 2025 dengan metode purposive sampling. Hasil analisis eDNA metabacoding mendeteksi 8 spesies organisme akuatik di Muara Sungai Musi dan 22 spesies di Muara Sungai Banyuasin yang seluruhnya tercatat dalam IUCN Red List dengan status konservasi Least Concern, Near Threatened, Vulnerable, Endangered, dan Data Deficient. Pengukuran kualitas perairan menunjukkan nilai suhu 26,7 °C di Muara Sungai Musi dan 27,3 °C di Muara Sungai Banyuasin, salinitas 13,8 ppt dan 14,3 ppt, oksigen terlarut (DO) 5,4 mg/L dan 6,8 mg/L, serta pH 5,7 dan 5,8 yang menggambarkan karakteristik perairan muara. Nilai indeks keanekaragaman Shannon-Wiener (H’) di Muara Sungai Musi sebesar 1.70 dan di Muara Sungai Banyuasin sebesar 1.61 menunjukkan keanekaragaman sedang. Indeks keseragaman (E) sebesar 0.82 di Muara Sungai Musi dan 0.52 di Muara Sungai Banyuasin serta indeks dominansi (C) sebesar 0.23 dan 0.27 menunjukkan tidak adanya dominasi spesies secara ekstrem.

Downloads

Download data is not yet available.

References

Abd Al-Daim, S. (2023). Comparison of four electrophoresis buffer for good performance as DNA separator on agarose gel. Biomedical Journal of Scientific & Technical Research, 49(4), 40858–40862.

Akbar, M. A., Zahara, A. S., Sari, M. T., & Adha, N. (2023). Identification of morphology and morphometry of fresh water fish cultivated in Meurandeh Teungoh Village, Langsa City. Jurnal Biologi Tropis, 23(2), 208–213.

Aryawati, R., Ulqodry, T. Z., & Surbakti, H. (2021). Fitoplankton sebagai bioindikator pencemaran organik di perairan Sungai Musi bagian hilir Sumatra Selatan. Jurnal Ilmu dan Teknologi Kelautan Tropis, 13(1), 163–171.

Asrulla, R., Jailani, M. S., & Jeka, F. (2023). Populasi dan sampling (kuantitatif), serta pemilihan informan kunci (kualitatif) dalam pendekatan praktis. Jurnal Pendidikan Tambusai, 7(3), 26320–26332.

Erika, R., Kurniawan, K., & Umroh, U. (2018). Keanekaragaman ikan di perairan Sungai Linggang, Kabupaten Belitung Timur. Akuatik: Jurnal Sumberdaya Perairan, 12(2), 17–25.

Fahmi, M. R. (2015). Konservasi genetik ikan sidat tropis (Anguilla spp) di perairan Indonesia.

Febrian, I., Nursaadah, E., & Karyadi, B. (2022). Analisis indeks keanekaragaman, keragaman, dan dominansi ikan di Sungai Aur Lemau Kabupaten Bengkulu Tengah. Bioscientist: Jurnal Ilmiah Biologi, 10(2), 600–612.

Fikri, Z., Ilham, K., Sauri, S., Priyatna, Y., & Wibowo, K. (2025). Identifikasi ikan lepu batu genus Synanceia (Perciformes: Synanceiidae) koleksi Museum Zoologicum Bogoriense. Berita Biologi, 24(2), 231–239.

Fuhjaya, Y. (2008). Fisiologi ikan: Dasar pengembangan teknologi perikanan. PT Rineka Cipta.

Ghazali, T. M., Heriyanto, T., M DF, A., Firmansyah, R., Limbong, I., & Simanullang, A. M. (2020). Identifikasi jenis ikan di sepanjang pesisir Kelurahan Hajoran Kabupaten Tapanuli Tengah. Jurnal Enggano, 5(3), 439–450.

Hadiaty, R. K., & Yamahira, K. (2014). The loaches of the genus Nemacheilus (Teleostei: Nemacheilidae) in Sunda Islands, with an identification key. Jurnal Iktiologi Indonesia, 14(2), 83–100.

Handayani, R., Prayogo, H., & Setyawati, D. Keanekaragaman jenis ikan air tawar di Sungai Landak Kecamatan Pontianak Timur Kota Pontianak. Jurnal Lingkungan Hutan Tropis, 4(3), 577–587.

Harahap, M. R. (2018). Elektroforesis: Analisis elektronika terhadap biokimia genetika. CIRCUIT: Jurnal Ilmiah Pendidikan Teknik Elektro, 2(1).

Hidayat, A. A., Suyantri, E., & Kusuma, Y. W. C. (2025). Conservation analysis of threatened tree-level plant species on the island of Java. Journal of Biology, Environment, and Edu-Tourism, 1(1), 1–6.

Ibrahim, N. A. A., Azmir, I. A., Aqmal-Naser, M., Esa, Y., & Ahmad, A. (2025). From water to DNA: The evaluation of environmental DNA (eDNA) sampling volume in a tropical blackwater peat swamp in Dungun, Terengganu. Malaysian Journal of Fundamental and Applied Sciences, 21(5), 2662–2674.

Kartika, R. I., Butet, N. A., & Mashar, A. (2018). Hubungan kekerabatan lobster air tawar (Procambarus clarkii Girard, 1852) berdasarkan marka gen 16S rRNA di Jawa Barat.

Khaerudin, K., Hamidah, A., & Kartika, W. D. (2018). Jenis-jenis ikan hasil tangkapan nelayan di Kecamatan Tungkal Ilir, Kabupaten Tanjung Jabung Barat, Provinsi Jambi. Jurnal Ikhtiologi Indonesia, 18(2), 115–126.

Kusuma, R. O., Dadiono, M. S., Kusuma, B., & Syakuri, H. (2021). Keragaman genetik ikan uceng (Nemacheilus) di sungai wilayah Banyumas berdasar sekuen gen cytochrome oxidase subunit I (COI). Jurnal Perikanan Universitas Gadjah Mada, 23(2), 89–94.

Kusumaningtyas, M. A., Bramawanto, R., Daulat, A., & Pranowo, W. S. (2014). Kualitas perairan Natuna pada musim transisi. Depik, 3(1).

Lestari, D. A., Rozirwan, R., & Melki, M. (2021). Struktur komunitas moluska (bivalvia dan gastropoda) di Muara Musi, Sumatera Selatan. Jurnal Penelitian Sains, 23(1), 52–60.

Maduwu, F. D. A. (2022). Studi biodiversitas ikan air tawar di Sungai Gewa sebagai indikator kesehatan lingkungan. FAGURU: Jurnal Ilmiah Mahasiswa Keguruan, 1(1), 10–17.

Maruzy, A., & Mujahid, R. (2019). Conservation status of medicinal plants from Papua and West Papua Province (Indonesia). Media Konservasi, 24(2), 114–123.

Nasution, D. Y., Hasibuan, N. W., Nasution, R. M., & Ramadhani, F. (2023). Pengaruh perubahan suhu panas media air terhadap membuka dan menutup operkulum pada ikan mas. Journal Scientific of Mandalika, 4(2), 1–5.

Ningsih, E. N., Barus, B. S., Aryawati, R., Ramadhan, S., & Supriyadi, F. (2021). Penentuan tipe sedimen dasar perairan Muara Sungai Banyuasin berdasarkan nilai hambur balik akustik. Jurnal Penelitian Sains, 23(3), 158–162.

Nurastri, V. D., & Marasabessy, I. (2021). Status konservasi ikan terancam punah yang diperdagangkan keluar Kota Sorong (studi kasus: ikan hiu). Jurnal Riset Perikanan dan Kelautan, 3(1), 303–318.

Odum. (1996). Dasar-dasar ekologi edisi ketiga. Gadjah Mada University Press.

Pradana, R. A. P., Fadhilah, R. H., Aula, N., & Amin, M. H. F. A. (2019). Inventarisasi dan status konservasi jenis herpetofauna di Air Terjun Watu Ondo. In Prosiding SNPBS (Seminar Nasional Pendidikan Biologi dan Saintek) (pp. 219–223).

Pratama, A., & Rahmawati, S. (2025). Analisis kualitas air laut dan implikasinya terhadap produktivitas perikanan di pesisir Indonesia. Journal of Marine Fisheries, 1(1), 8–14.

Prianto, E., & Aprianti, S. (2012). Komposisi jenis dan biomasa stok ikan di Sungai Banyuasin. Jurnal Penelitian Perikanan Indonesia, 18(1), 1–8.

Pusparini, W. U. L. A. N. (2006). Studi populasi dan analisis kelayakan habitat badak Sumatera (Dicerorhinus sumatrensis) di Taman Nasional Bukit Barisan Selatan. Skripsi. Universitas Indonesia.

Rappe, R. A. (2010). Struktur komunitas ikan pada padang lamun yang berbeda di Pulau Barrang Lompo. Jurnal Ilmu dan Teknologi Kelautan Tropis, 2(2), 63.

Sahu, A., Singh, M., Amin, A., Malik, M. M., Qadri, S. N., Abubakr, A., Teja, S. S., Dar, S. A., & Ahmad, I. (2025). A systematic review on environmental DNA (eDNA) science: An eco-friendly survey method for conservation and restoration of fragile ecosystems. Ecological Indicators, 173, 113441.

Sari, V. K., & Restanto, D. P. (2022). Review artikel: Metode ekstraksi DNA genom untuk tanaman tinggi kandungan polisakarida dan metabolit sekunder. Agroteknika, 5(2), 118–129.

Selviani, Djarod, M. S. R., Kuncoro, I., Maryani, L., Hermialingga, S., Yunisti, T., Harliani, D. O., Bahri, S., Wulandari, Y., & Ruzanna, A. (2025). eDNA Biomonitoring. LSO Creative.

Sentosa, A. A., Dharmadi, D., & Tjahjo, D. W. H. (2016). Parameter populasi hiu martil (Sphyrna lewini Griffith & Smith, 1834) di perairan selatan Nusa Tenggara. Jurnal Penelitian Perikanan Indonesia, 22(4), 253–262.

Setyobudiandi, I., Sulistiono, F., Yulianda, C., Kusmana, S., Hariyadi, A., Damar, A., & Sembiring, B. (2009). Sampling dan analisis data perikanan dan kelautan: Terapan metode pengambilan contoh di wilayah pesisir dan laut. Institut Pertanian Bogor.

Suparjo, M. N. (2009). Kondisi pencemaran perairan Sungai Babon Semarang. Saintek Perikanan: Indonesian Journal of Fisheries Science and Technology, 4(2), 38–45.

Toha, A. H. A., Dailami, M., Pranata, B., Manangkalangi, E., Parinding, Z., Wangi, E. M., & Putri, R. F. H. (2025). Aplikasi barcode DNA dalam perikanan. Penerbit Brainy Bee.

Wahyudewantoro, G., Haryono, H., Gustiano, R., Rusdianto, R., Mokodongan, D. F., Wibowo, K., & Nur, F. M. (2025). Biodiversity and status fish species in mangrove water in Lombok, West Nusa Tenggara, Indonesia. Polish Journal of Environmental Studies, 34(3), 3485–3495.

Wahyudewantoro, G. (2018). The fish diversity of mangrove waters in Lombok Island, West Nusa Tenggara, Indonesia. Biodiversitas, 19(1), 71–76.

Widayat, W., Agustini, T. W., Suzery, M., Al-Baarri, A. N. M., Putri, S. R., & Kurdianto, K. (2019). Real time-polymerase chain reaction (RT-PCR) sebagai alat deteksi DNA babi dalam beberapa produk non-pangan. Indonesia Journal of Halal, 2(1), 26–33.

Wijiyanto, D., Kurohman, F., Setyawan, H. A., & Kurnia, D. J. (2025). The stock of Panulirus homarus in Kebumen waters, Indonesia. Egyptian Journal of Aquatic Biology and Fisheries, 29(5), 1689–1702.

Yudha, D. S., Salsabila, S., & Priyono, D. S. (2024). Keanekaragaman jenis ikan di Hulu Sungai Opak menggunakan environmental DNA (eDNA) metabarcoding. Biota: Jurnal Ilmiah Ilmu-Ilmu Hayati, 238–246.

Zebua, H., & Halawa, H. E. (2024). Peran estuaria sebagai habitat penting bagi kehidupan akuatik. Jurnal Perikanan dan Kelautan, 2(1), 137–144.

Zulfikarrahman, M., Kalor, J. D., & Hamuna, B. (2020). Komposisi, kelimpahan dan nilai ekonomi ikan target di ekosistem mangrove Teluk Demta, Kabupaten Jayapura. Acropora: Jurnal Ilmu Kelautan dan Perikanan Papua, 3(1), 1–7.